A los pies de la nave de la iglesia principal, ocupando en alto el fondo absidal construido durante las reformas que se hicieron en el año 1744, se encuentra el coro, al que se llega por dos tránsitos, uno que lo comunica con la galería alta del claustro, mudéjar, y otro que da a los pasos que conducen a la escalera por la que se desciende a la sacristía.

El amplio espacio de este paraje conventual está ocupado en tres de sus frentes por la sillería que es de dos zonas, con los asientos basculantes, respaldándose los del coro bajo con relieves de bustos de santos y en la sillería alta con relieves de cuerpo entero, coronándose todo con una crestería de balaustrada y florones. Es obra barroca hecha por Alejandro Carnicero a mediados del siglo XVIII, y muy estimable en la talla de algunos de sus relieves

En el coro pueden admirarse otras obras de arte, tales como una Virgen gótica, que preside el testero; el gran facistol, de bronce repujado y estilo barroco; el tenebrario, hecho de talla policromada y del mismo estilo, y los órganos, que son cuatro, siendo los dos grandes barrocos y los dos pequeños rococós.

La dos capillas mencionadas, que sirven de acceso al coro, tienen sendos retablos de estilo contrarreformista, con lienzos estimables, representándose en el de la derecha la Imposición de la casulla a San Ildefonso, y en el de la izquierda a San Nicolás de Ban. El primero se supuso sin mucho fundamento de Zurbarán, y en cuanto al segundo, parece ser obra de Pereda.