La grandiosa sacristía, como todo lo excelso, concluye en un altar, que sirve de fondo y ara a la capilla dedicada a San Jerónimo, que da fe en una portentosa talla, arrodillada y penitente, de Torrigiano. en terracotta, cocida de mortificación y ascetismo. Pero este altar no está apoyado contra el muro: se basta y vale por sí mismo. El trofeo de la linterna del navío turco, regalo de Felipe II, es la mejor lámpara para tanta belleza. Las dos partes, primera y última, de la sacristía, se prolonga sin confundirse. 

Se le conoce,  por la "Perla de Zurbarán", 'El triunfo de San Jerónimo" Por eso ocupa el ático de su altar. Es de la etapa primeriza del pintor, por serlo documentalmente las pinturas de la predella de ese altar, que anteceden al primer Zurbarán de la sacristía (1638). Flota el santo en los aires, en son de triunfo, con un enorme realismo y fuerza plástica en los hábitos. Su cabeza de anciano de larga barba blanca, es hermosa y sostenida. Una amplitud fuera de lo corriente inunda de verde el paisaje alrededor, y a sus pies, en el basamento del altar, figuras de jerónimos anónimos completan al gloria jeronimiana, en vigorosas siluetas blancas emergiendo de un fondo negro, tan querido por Zurbarán. Los ángeles son niños, muy vivos de actitudes, inspirados en parte en las Asunciones de Rubens. 

"Los azotes"  y  "Las tentaciones".

En la escena de la flagelación, Zurbarán ha exprimido la escena al máximo, resaltando el bello escarceo anatómico que modela al santo y el bocado impasible de los látigos que manejan los ángeles como pidiendo perdón. Los dos cuadros son dos partes de una misma realidad espiritual, que exigía un solo pincel y sentimiento. Las túnicas en ambos son copiosas, a lo Zurbarán; los paños refulgentes, los mimbres débiles que parecen pinceles en lugar de látigos, la anatomía demasiado humana con un hombro al descubierto, que es de abolengo escultórico muy de la predilección zurbaranesca.